Государственный архив Краснодарского края в настоящее время состоит из 2-х больших групп фондов. Первая из них - это историческая часть фондов, называемая архивистами дореволюционными фондами и вторая группа - фонды советского времени (фонды, образовавшиеся после победы Октябрьской революции на территории Кубанской области и Краснодарского края).

Основу фондов исторической части составляют документы Черноморского войскового архива, которые были привезены на Кубань в 1792 году, вместе с переселившимися сюда казаками из Запорожской Сечи. Это были те казаки, которые вновь решили организовать свое войско после его распада в 1775 году и разрушения Запорожской Сечи. Возрожденное войско получило название "Войско верных казаков". Во главе его стояли старшины Сидор Белый, Захарий Чепега, войсковой судья Антон Головатый, тот самый, по распоряжению которого и прибыли на Кубань архивные документы, находившиеся в канцелярии Войскового Коша запорожцев. (Предписание войскового судьи от 02 августа 1791 года "О составлении списков казаков по куреням для хранения их на предыдущие времена в войсковой архиве").

В 1788 году войско получило название "Черноморского казачьего войска" и до 1791 года несло свою службу на берегах Буга и Днестра; архивные документы находились при походных канцеляриях Кошевого атамана и Войскового судьи. С переходом Черноморского войска в 1792 году на Кубань сюда и прибыли архивные документы, находившиеся при канцелярии Войскового Правительства. Годом позже был заложен войсковой град Екатеринодар, и начал формироваться особый войсковой архив, который быстро рос, сосредотачивая у себя документы о военной, политической истории Кубани, ее экономике, народонаселении и культурной жизни. Но помещения под архивные документы не было, они хранились в разных неприспособленных зданиях, где постоянно подвергались порче и утратам. Первое специальное здание войскового архива было построено в 1834 году по плану инженер-капитана Петрова, деревянное под железной крышей и украшенное четырьмя колоннами. Здание находилось на территории будущего городского сада г. Екатеринодара, и когда он был открыт, то здание архива решено было отобрать и устроить в нем "общественный вокзал", т.е. место для увеселительных вечеров и гуляний. Архивные документы пришлось разместить в нескольких местах: казармах Екатеринодарской крепости, в боковых пределах колокольни старого войскового собора, в пустых и неохраняемых помещениях бывшего казначейства. И это происходило в 60-е - начало 70-х годов ХIХ века, когда архив быстро пополнялся новыми документами; в том числе архивами шести бригад Кавказского линейного казачьего войска, которое влилось в Черноморское, а само войско в 1860 году было переименовано в Кубанское казачье войско.

На 1 января 1919 года архив насчитывал 800000 дел, а весной этого же года архив принял еще и эвакуированные дела канцелярии бывшего наместника на Кавказе - около 600000 дел.

Архивные фонды первого периода Советской власти не сохранились, дела Совета Краевого правительства за 1918, 1919, 1920 годы сохранились частично, дела учреждений и частей Добровольческой армии перевезены в Крым; архивы наместника на Кавказе, попечителя Кавказского учебного - округа, Тифлисской казенной палаты и др. были переданы в 1923 году Грузинскому правительству. В 1928 году архивные материалы были разделены на исторический архив (дореволюционный период) и архив Октябрьской революции.

В годы Великой Отечественной войны государственный архив Краснодарского края, его филиалы и Адыгейский облархив были эвакуированы в г. Челкар Актюбинской области. Трудности военного времени не позволили сохранить архивные фонды в полном объеме, и часть их погибла. (Перед началом Великой Отечественной войны в архиве значилось 1142 фонда объемом 629745 единиц хранения).

В послевоенный период государственный архив Краснодарского края испытывал острую нехватку помещений для размещения архивных фондов.

Только с 1 августа 1953 года госархиву было передано в аренду часть нижнего этажа и подвала по ул. Красноармейской, д. 37, где 4-х рабочих комнатах разместился весь штат архивных работников, а также были выделены комнаты для читального зала и библиотеки.

В 1976 году фонды крайгосархива были размещены в новом специализированном здании по улице Ставропольской, 151 "А". Архив начал интенсивное комплектование документами от учреждений, организаций и предприятий, являвшихся источниками этого комплектования, число которых превышало 250 организаций.

С 1997 года в государственном архиве Краснодарского края начало осуществляться компьютерное обеспечение отдельных видов работ. Проводится перевод информационных данных о составе и содержании документов на уровне фонда и описи на электронные носители по программе "Архивный фонд", а также разрабатываются справочные сведения по программе "Поиск", необходимые для исполнения социально-правовых запросов граждан и организаций.

Вступив в новое третье тысячелетие, госархив Краснодарского края будет оставаться бережным хранителем своего документального богатства, приумножая его и делясь с будущими поколениями историческим наследием кубанского края.